Media tanam tidak berfungsi sebagai sumber nutrisi, karena sumber nutrisi justru berasal dari air yang dialiarkan dari tempat ikan yg mengandung banyak nutrisi, media tanam di sistem akuaponik berperan sebagai penopang tanaman agar tidak mudah rebah.

Untuk kedalaman media tanam, umumnya orang menyarankan 300mm, meskipun ada beberapa yang mengatakan tidak harus 300mm, misal, microponics.net.au mengatakan, media tanam dengan kedalaman 75mm [1] pun dapat bekerja dengan baik